時は21xx年。あなたがある化合物が必要になったとしたらどうするでしょうか？まずはその化合物が売ってないか調べて、売ってなければ合成することになるでしょう。ではどうやって合成しましょうか？まずは既存の良い方法が無いか調べて、良い方法がなければ自ら合成法を考えますか？
いいえ、もうその必要はありません。構造式を入力するだけで後は人工知能が最適な方法を探し出し、自動合成ロボットシステム、オーガニックネット(仮)が合成してくれるようになったのです。そして全世界でそのシステムが稼働されたその日、オーガニックネットは邪魔な人類を殲滅するべく大量の化学兵器を作り始めたのでした。反乱を起こしたオーガニックネットに対する抵抗軍指導者であるジョン・コーリー(仮)の指揮下、反撃に転じる人類。人類の未来を賭けた戦いが今始まる・・・